宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史RegildCentury(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。
RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯CapitalTower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的PhotonBattery，故被视为是圣地。
其守护组织CapitalGuard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MSG-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。
然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。
不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。
宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。
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